W ramach działalności administracyjnej i kontrolnej Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Białymstoku prowadzone są rejestry lub ewidencje:

1. Rejestr skarg i wniosków.
2. Rejestru zakażeń i zachorowań na chorobę zakaźną, zgonów z powodu zakażenia lub choroby zakaźnej, ich podejrzeń oraz przypadków stwierdzenia dodatniego wyniku badania laboratoryjnego.
3. Rejestr zgłoszeń niepożądanych odczynów poszczepiennych.
4. Rejestr chorób zawodowych i skutków chorób zawodowych.
5. Rejestr  zarządzeń Państwowego Powiatowego Inspektora Sanitarnego w Białymstoku.
6. Rejestr wydawanych upoważnień i pełnomocnictw.
7. Centralna ewidencja rejestrów decyzji.
8. Ewidencja osób upoważnionych do przetwarzania danych osobowych.
9. Inne rejestry i ewidencje – w zależności od bieżących potrzeb w działalności danej komórki organizacyjnej (np. rejestry decyzji, rejestry protokołów, ewidencja zezwoleń na dodatkową pracę zarobkową poza zakładem pracy pracowników PSSE, wykazy obiektów nadzorowanych, itp.)

Dostęp do danych w rejestrach jest ograniczony dla klienta zewnętrznego PSSE.

Zarządzanie danym rejestrem podlega ustalonej procedurze w zakresie zachowania poufności i ochrony praw własności klienta, a także polityce bezpieczeństwa danych osobowych w Stacji.

W Stacji zorganizowane jest archiwum zakładowe (składnica akt), prowadzone na podstawie Instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego.